苹果霉心病是一种在果实接近成熟期至贮藏期危害果实的病害，引起果实霉心、心腐或早期脱落。苹果霉心病的防治应采取生长期药剂防治和贮藏期控制贮藏条件相结合的方法。
清除菌源：苹果采收后，应及时清除果园内病果、落果和落叶。休眠期结合冬季修剪，去除病虫枝和枯死枝，减少越冬菌源。防治方法一是结合冬剪及时清除果园内残枝、病叶、病果、杂草等病株残体，刮除树干病皮一并集中销毁，减少菌源；二是增施充分腐熟的有机肥或含腐植酸的有机无机生物复混肥，按苹果生长对氮、磷、钾的需求比例(2∶1∶2)配方施肥，定清果后及时喷施富含氮磷钾(10∶10∶35)，又含钙、硼、锌、铁、锰、硫、铜、镁等多种中、微量元素的55%欧亚美多功能水溶肥750倍液2～3遍，增强树体综合抗病能力；三是花芽萌动前喷施5波美度石硫合剂或20～30倍晶体石硫合剂；
生长期药剂防治：
①花芽膨大至露红期，结合防治苹果白粉病等，可选择渗透性、治疗性较好的杀菌剂，如：30％苯醚甲环唑·丙环唑悬浮剂1000-1500倍液或430克/升戊唑醇悬浮剂2000-3000倍液，1.5%噻霉酮水乳剂500倍液，以铲除枝干、干枯枝上产生的病菌分生孢子。
②初花期，选择对坐果无影响的杀菌剂喷施，以消灭花器上的病菌。如3%多抗霉素水剂400倍液，或4%农抗120水剂600-800倍液，80%代森锰锌可湿性粉剂700倍液。
③幼果期，这是防治霉心病的关键时期，应在苹果落花后10天选择内吸性杀菌剂，结合防治苹果轮纹病、炭疽病，喷洒430克/升戊唑醇悬浮剂4000-5000倍液，或10％苯醚甲环唑水分散粒剂3000-4000倍液，70%乙磷铝·锰锌可湿性粉剂1000倍液。
采收后防治对那些硬度差、果面缺乏光泽的果实，应剔除掉，杜绝入库。有条件者，可先在10-15℃的库内短期预贮，剔除发病果后，再放入气调冷库中贮藏。
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